以施用有机肥料为主的基肥，最宜秋施。秋施基肥的时间，以中熟品种采收后、晚熟品种采收前为最佳，一般为9月下旬至10月上旬。秋施基肥，具有以下好处：
      第一，苹果主要根系分布层的土壤温度比较适宜，根系生长量大，吸收机能也比较活跃，施肥后有利于根系吸收。第二，施肥后有利于提高叶片的光合效率，增加碳水化合物的积累。第三，秋季施用有机肥料，有较充分的时间供根系吸收、运转，并在树体内贮藏起来。长期的施肥试验证明，秋季施肥(特别是氮肥)，至次年春季芽萌动前，苹果新梢内的淀粉含量、氮素含量，以及嫩芽内的过氧化氢酶活性均有显著提高。干周增长量大，花芽质量好，生殖器官发育完善，坐果增多，果实产量和品质都有显著提高。因此，秋季施用基肥，是苹果园施肥制度中的重要环节，也是全年施肥的基础。
      基肥要把有机肥料和速效肥料结合施用。有机肥料宜以迟效性和半迟效性肥料为主，如猪圈粪、牛马粪和人粪尿等，根据结果量一次施足。速效性肥料，主要是氮素化肥和过磷酸钙。为了充分发挥肥效，可先将几种肥料一起堆腐，然后拌匀施用。基肥的施用量，按有效成分计算，宜占全年总施肥量的70%左右，其中化肥的量应占全年的2/5。